之後他開始到處收集大學畢業證書並向行政院新聞局登記為發行人，最後他一共在創辦雜誌前就申請了18張雜誌執照。其中鄭南榕計畫以便於當政府下令停刊時，雜誌社仍然能夠以類似名稱的申請執照繼續發行新的刊物。之後分別由鄭南榕擔任創辦人、李敖擔任總監、陳水扁擔任社長以及林世煜擔任發行人，於3月12日時共同創辦了黨外雜誌《自由時代周刊》[11]。其中雜誌社口號訂為「爭取百分之百的自由」，並且試圖鼓吹民主自由風氣能夠在臺灣獲得發展[12]。這時他除了繼續徵詢其他人提供資料外，還逐步建立印刷、裝運和行銷等網絡[8][9]。之後儘管警方多次依照《臺灣省戒嚴期間新聞紙雜誌圖書管制辦法》查禁雜誌，但是雜誌社仍然能夠繼續運作長達5年8個月；一直到1989年年底停刊為止《自由時代周刊》總共出版了302期，同時也創下被查禁和停刊次數最多的記錄。